رابطه میان میکروبیولوژی و قرآن کریم رابطه‌ای مستقیم و تخصصی نیست، بلکه بیشتر جنبه مفهومی و معرفتی دارد. قرآن کتاب هدایت انسان است و میکروبیولوژی دانشی تجربی برای شناخت موجودات میکروسکوپی؛ با این حال هر دو در شناخت بهتر حیات و جهان هستی نقش دارند.

آموزه‌های قرآنی درباره تفکر در آفرینش، حفظ سلامت، رعایت بهداشت و توجه به نظم جهان می‌توانند زمینهای مناسب برای رشد علوم زیستی فراهم کنند. از این رو می‌توان گفت قرآن چهارچوب فکری و ارزشی مطالعه طبیعت را ارائه می‌دهد و میکروبیولوژی ابزار علمی شناخت بخشی از این طبیعت را در اختیار انسان قرار می‌دهد.